Das Quartär ist das aktuelle geologische Zeitalter und begann vor etwa 2,6 Mio. Jahren. Diese jüngste Epoche zeichnet sich durch einen Wechsel zwischen Kaltzeiten (Glaziale) und Warmzeiten (Interglaziale) aus. Die Schwankungen sind auf die zyklischen Änderungen der Erdumlaufbahn und damit der Sonneneinstrahlung zurückzuführen und beeinflussen maßgeblich die Vergletscherung, Vegetation und den Wasserhaushalt unserer Erde.
Während der Glazialphasen bildeten sich auf der Erdoberfläche gewaltige Eismassen. Der letzte Zyklus einer Großvergletscherungen begann vor etwa 870.000 Jahren, wobei besonders starke Gletschervorstöße im Alpenraum in den letzten 650.000 Jahren auftraten. Die damit verbundenen großen Gletscher-Vorstöße, bekannt als Günz-, Mindel-, Riß- und Würm-Glazial, sind nach Flüssen im bayerischen Alpenvorland benannt.
Das Würm-Glazial, die letzte Eiszeit, dauerte von 115.000 bis vor 11.700 Jahren vor heute. Die Jahresdurchschnittstemperatur lag etwa 10 bis 12 °C tiefer als heute und es herrschte extreme Trockenheit.
Seinen Höhepunkt erreichte das Würm-Glazial vor 26.000 bis 20.000 Jahren. Zu dieser Zeit lagen die Alpentäler unter bis zu 1700 Meter von Eis bedeckt, und Gletscherzungen erstreckten sich bis ins Alpenvorland. Es ragten nur mehr die höchsten Gipfel, so genannte Nunatakker, aus den mächtigen Eismassen heraus. Die alpinen Täler wurden durch Gletscher in markante Trogtäler mit U-Form geschürft.
Die großen, aus den Zentralalpen in das Inntal vorstoßenden Gletscher erreichten das Inntal vor dem Inngletscher. So floss der Ziller-Gletscher u.a. Richtung Norden ins Achental. Im Laufe der Eiszeit dominierten der Inn-, Ziller- und kleinere lokale Gletscher aus dem östlichen Karwendel und westlichen Rofangebirge das Gebiet rund um den Achensee.
Vor etwa 20.000 Jahren, gegen Ende des Würm-Glazials, stiegen die Temperaturen langsam an. Ein rascher Rückzug der Gletscher folgte. Während dieser erwärmenden Phase hinterließen die schmelzenden Eismassen markante Landschaftsformen. Schmelzwasser bildete große Seen, während Flüsse Täler tief einschnitten und Schotterterrassen hinterließen. Um 14.700 Jahren setzt dann eine rapide Erwärmung ein, welches zur Wiederbewaldung von Flächen führten, die vorher von Eis bedeckt waren. Es folgte ab 11.700 Jahren vor heute die bis heute andauernde Warmzeit, welche Holozän genannt wird.
Die Warm- und Kaltzeiten des Quartärs prägten die Landschaft des Alpenraumes mit schroffen Gipfels und breiten Trogtälern. Die sedimentären Ablagerungen aus dieser Zeit sind wertvolle Rohstoffquellen. Beispielsweise ist Sand und Kies wichtige Rohstoffe für die Bauindustrie. Außerdem sind quartäre Schotter leicht zugängliche Aquifere.